In dem kleinen Museum von Epidauros, das sich am Eingang des Archäologischen Geländes des Asklepieion befindet, sind viele der Funde ausgestellt, die im Gelände entdeckt worden sind.
Es gilt als besonders wichtig, weil zu den Ausstellungsstücken viele Teile von Baugliedern der Oberbauten der bedeutendsten Gebäude des Heiligtums zählen.
In der Mitte des ersten Saals erwähnen zwei Inschriften die Ausgaben für die Errichtung der Tholos und des Asklepios-Tempels. An der Eingangwand befindet sich links die Inschrift des M. Iulius Apellas aus Karien, der im 2. Jh. Chr. seine Heilung beschreibt und rechts die Inschrift mit dem Hymnus des Dichters Isyllos an Apollon und Asklepios (um 280 v. Chr.) sowie auch die Schilderung der Wunder des Asklepios. Aus der Stadt des antiken Epidauros stammt der Torso eines Kuros aus dem 6. Jh. v. Chr. In einer kleinen Vitrine sind Arztinstrumente und Kleinfunde aus den Heiligtümern des Apollon und Asklepios ausgestellt. Oben an der Wand, die den ersten von dem zweiten Saal trennt, befinden sich Stirnziegel und Simen von verschiedenen Bauten des Heiligtums aus klassischer und hellenistischer Zeit.
Im zweiten Saal werden Weihgeschenke vor allem aus späterer Zeit sowie auch Gipsabgüsse von Werken gezeigt, die im Archäologischen Nationalmuseum ausgestellt sind, wie Statuen des Asklepios, der Hygeia, der bewaffneten Aphrodite und anderer sowie auch einige Skulpturen von dem Schmuck des Asklepios-Tempels. Im hinteren Bereich des Saals sind einige Teile des Gebälks und der Säulenglieder der Propyläen des Heiligtums wieder zusammengefügt.
Der dritte Saal enthält Rekonstruktionen von Teilen des Oberbaus der Tempel des Asklepios (äußere Säulenreihe und Teile der inneren) und der Artemis. Hinten im Saal ist ein wundervolles korinthisches Kapitell ausgestellt, eine Kopie vielleicht des Modells, das Polyklet der Jüngere für die innere Säulenreihe der Tholos verwendet hatte. Während des letzten Jahrzehnts wurden wegen der Untersuchungen zur Wiederaufrichtung von Teilen des Monuments, die von der Kommission zur Sicherung der Monumente von Epidauros unter der Leitung von Professor V. Lambrinoudakis vorgenommen werden, im letzten Saal keine Teile des Oberbaus der Tholos augestellt, obgleich sie im Museum aufbewahrt werden.
In geringer Entfernung vom Museum steht ein kleiner Bau, in dem die Inschriften aus dem Gelände untergebracht sind. Abgesehen von dem umzäunten archäologischen Gelände, ganz in der Nähe der EOT-Anlagen wurde vor kurzem ein Magazin in einen Ausstellungsraum umgebaut, um die Kostüme von den modernen Aufführungen im Theater zu präsentieren.
